Estos colosales peces de arrecife de coral, que se encuentran en todo el Indo-Pacífico, se consideran un manjar en determinados lugares, como Hong Kong y China continental y, como resultado, se han convertido en víctima de la pesca ilegal generalizada.
La Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza (UICN), que colocó por primera vez al pez napoleón en la lista de especies en peligro de extinción en 2004, estima que existen entre 2,5 y 3,5 adultos por 8.000 metros cuadrados en los arrecifes australianos de Queensland y unos diez peces por 10.000 metros cuadrados en el resto de su rango
En 2005, la Convención sobre el Comercio Internacional de Especies Amenazadas de Fauna y Flora Silvestres (CITES) lo incluyó en el Apéndice II para regular su comercio internacional, mediante la emisión de permisos de exportación en los países de origen.
El pez napoleón es principalmente vulnerable a las prácticas destructivas de sobrepesca y la pesca ilegal, debido a su alto valor en el comercio de peces vivos de arrecife del sudeste asiático. Como miembros de estos ecosistemas, la especie también está amenazada por problemas relacionados con el clima, como el incremento de la temperatura del océano y el aumento del nivel del mar.
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